En el 2006, de la mano del entrenador uruguayo Gerardo Pelusso, Alianza Lima logró el Campeonato Apertura del 2006 Parte del éxito en el cuadro victoriano radicó en la gran campaña que realizaron en la primera rueda del Apertura, donde lograron 27 puntos de 33, obteniendo el 81.8% de los puntos en disputa. Se mantuvo invicto y solo empató con Deportivo USMP, Universitario de Deportes y Sport Áncash, todos con el marcador de 1 a 1. Le sacó 5 puntos de diferencia a Sporting Cristal y 9 a Unión Huaral, sus rivales más complicados en esta primera etapa. En lo que respecta a goles, Alianza Lima logró anotar en 33 oportunidades y tuvo la portería menos vencida, resaltando la figura del arquero íntimo George Forsyth que sólo recibió 13 anotaciones. Su máximo goleador en el año fue Flavio Maestri. El “Tanque” anotó en total 13 goles, en el Apertura logró 7, lo siguió Wilmer Aguirre con 10 goles. Al final de la primera parte del año, restaba una fecha y Alianza mantenía la ventaja de un punto sobre Sporting Cristal. Con ese panorama llegó a la última fecha, en donde con sólo un empate le bastó para obtener el título.

En el Campeonato Clausura, sus mejores resultados en Matute fueron al Sport Áncash y Alianza Atlético de Sullana por 3 a 0. Logró marcar en 27 oportunidades y recibió sólo 17, Maestri anotó 5 goles (y uno en la posterior definición). A finales del 2006, todo parecía indicar que Alianza conseguiría el Campeonato Clausura y por consiguiente, el Título Nacional. Sin embargo, hubo una caída de rendimiento por parte del equipo y finalmente Cienciano campeonó, por lo que Alianza volvería a jugar un nuevo Play-Off. Tal como en el año del Centenario, frente al cuadro incaico. Cienciano consiguió una victoria por la mínima diferencia en Cusco y Alianza lo derrotó 3-1 en Lima, en lo que significó la corona número 22 en la historia del Club.