Cuando Alianza Lima iba camino a conseguir indiscutiblemente el campeonato de 1987, ocurrió la más grande tragedia en la historia del deporte nacional. El plantel completo de jugadores, cuerpo técnico y algunos hinchas perecieron en un accidente aéreo que enlutó al Perú entero y que sumió a Alianza Lima en el más profundo dolor. El 8 de Diciembre de 1987.


Pasaron a la gloria: José Gonzáles Ganoza, José Mendoza, Gino Peña, Tomás Farfán, Cesar Sussoni, Willy León, Daniel Reyes, Ignacio Garretón, José Casanova, Carlos Bustamante, Aldo Chamochumbi, Braulio Tejada, Johnny Watson, Alfredo Tomasini, Milton Cavero,Luis Escobar junto con  su director   técnico Marcos Calderón,   Andrés 

Eche, Washington Gómez, Santiago Miranda,Orestes Suárez y Rolando Gálvez. ¡Que Dios los tenga en su gloria porque el pueblo aliancista jamás los olvidará!

Una década después, en 1997, Alianza Lima logró un nuevo campeonato. Bajo la dirección técnica del colombiano Jorge Luis Pinto, y con una excelente campaña, los íntimos de La Victoria consiguieron dar la vuelta olímpica. Figuraban, Christian del mar, Carlos Basombrio, Frank Ruíz, Victor Hugo Marulanda y marcial Salazar, la volante estuvo conformada por Juan Carlos Bazalar, Juan Jayo Legario, Paulo Hinostroza y Maquinho, en el ataque estaban: Waldir saenz y Darío Muchotrigo, alternaban en éste equipo, Walter Machaca, Sandro Baylón, José Luís Reyna, César Rosales, Marco Valencia y David Chévez.

Al año siguiente, en 1998 tuvo una buena participación en el Torneo Merconorte, ubicándose primero en su grupo, mejor aún le fue en 1999, llegando a tercero en la clasificación general, hecho que le valió para ser el mejor equipo peruano a nivel internacional. En lo que respecta al campeonato local, en 1999 Alianza Lima formó un buen plantel, consiguiendo el titulo del campeonato clausura, más no así el titulo nacional que por diferencia de goles tuvo que conformarse con el subcampeonato.

La historia se escribe con glorias y penas, pues el primer día del año 2000 Alianza Lima pierde por un accidente automovilístico a su mejor jugador del año1999, Sandro Baylón, zaguero y volante de 21 años que llegaba al arco rival y anotaba goles. Sandro era el capitán de la selección peruana sub23, pues tenía un presente real con un futuro de gloria para Alianza Lima y el Perú.